药学前沿大讲堂第88讲-Structure-based Modeling of the Catalytic and Inhibitory Mechanisms in Enzyme-Ligand complex with hybrid QM/MM and classical MM approach

报告题目：Structure-based Modeling of the Catalytic and Inhibitory Mechanisms in Enzyme-Ligand complex with hybrid QM/MM and classical MM approach

报告人：巫瑞波博士 New York University

主持人：罗海彬副教授 bm11222宝马娱乐网站

时间：  2011年5月26日上午9:30

地点：  bm11222宝马娱乐网站125讲学厅

报告人简介：

巫瑞波， 男，1984年生，博士。2006年6月获得厦门大学化学专业理学学士学位，2010年11月获得厦门大学量子化学专业博士学位。在厦门大学就读博士期间，获得过“宝钢优秀学生奖”以及“联想计算化学奖”。并且通过国家公派留学的方式，从2008年9月到2010年9月在美国纽约大学(New York University)化学系进行计算生物方面的学习与研究，目前在纽约大学化学系从事博士后工作。

主要研究领域：

(1) 酶体系特别是金属锌酶体系的量子力学/分子力学(QM/MM)组合方法研究：主要探讨酶的内在的催化反应机制，酶结构与功能的关系，以及蛋白质与小分子(底物/抑制剂)之间的相互作用。研究涉及了磷酸葡萄糖异构酶（PGI）、鼠李糖异构酶(RhI)、甲基转移酶(MT)、组蛋白去乙酰化酶(HDACs)、IAG-核苷水解酶(NH)、磷酸三酯酶(PTE)、固氮酶MoFe蛋白、一氧化碳脱氢酶(CODH)以及嗜热菌蛋白酶(TLN)。

(2) 金属锌酶体系的力场(Force Field)发展：由于传统力场普遍对锌配位结构描述不好，这里采用non-bonded模型，通过设计短程-长程有效函数(SLEF)的方案用来处理中心二价锌离子与周围其它原子间的静电相互作用，并应用ab initio QM/MM Force Matching的方法，发展了Amber99SB-SLEF1力场并用于Zn酶体系的模拟。分子动力学模拟证实，相比传统的锌酶力场，SLEF力场的精确性及可移植性都有很大的提高。

欢迎各位师生参加！